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林芝市生态环境局是林芝市人民政府工作部门,为正县级，负责贯彻落实党中央关于生态环境工作的方针政策和自治区党委及市委的决策部署,在履行职责过程中坚持和加强市委对生态环境保护工作的统一领导。主要职责是:负责建立健全生态环境基本制度；负责地方重大生态环境问题和行业安全生产的统筹协调、监督管理；负责监督管理全市减排目标的落实；负责提出市生态环境领域固定资产投资规模和方向、市财政性资金安排的意见,按规定权限审批、核准市规划内和年度计划规模内固定资产投资项目,配合有关部门做好组织实施和监督工作。负责地方环境污染防治的监督管理；指导协调和监督生态保护修复工作；负责生态环境准入的监督管理；负责生态环境监测工作；负责应对气候变化工作；开展生态环境保护对外合作交流；配合开展全区生态环境保护督察；统一负责生态环境监督执法；组织指导和协调全市生态环境宣传教育工作,制定并组织实施生态环境保护宣传教育纲要,推动社会组织和公众参与生态环境保护；负责辐射安全的监督管理。完成市委、政府交办的其他任务。
林芝市生态环境局设下列内设机构:办公室；综合科；规划财务科；自然生态保护科；水、大气、土壤环境与固体废物管理科；环境影响评价与排放管理科(辐射安全监管科)；政工人事科。