林芝市交通运输局贯彻落实党中央关于交通运输工作的方针政策和自治区党委及市委的决策部署，在履行职责过程中坚持和加强市委对交通运输工作的统一领导。主要职责是：
（一）贯彻执行国家、自治区交通运输有关法律法规。贯彻执行全区公路、水路行业的地方性法规和政府规章草案。贯彻执行国家和交通运输行业的技术政策、技术标准、技术规程和技术规范。
（二）负责统筹推进全市综合交通运输体系建设。负责涉及本市综合运输体系的规划协调工作，组织有关部门编制综合运输体系规划，指导交通运输枢纽规划和管理，促进各种交通方式融合。
（三）拟定全市公路、水路等行业规划、政策和标准并组织实施。参与拟定本市物流业发展战略和规划。组织指导本市公路、水路行业有关体制机制改革。
（四）承担本市公路、水路运输市场监管责任。贯彻执行全市道路、水路运输有关政策、准入制度、技术标准和运营规范并监督实施。负责城乡客运及有关设施规划和管理工作。指导公交、出租车行业管理工作。负责场站建设。按规定权限协调交通运输国际合作与交流有关事项。
（五）承担公路、水路建设市场监管责任。贯彻执行公路、水路工程建设有关政策、技术标准、制度并监督实施。组织协调公路、水路有关工程建设，监督工程质量有关工作。承担全市农村公路的管理和维护，指导全市交通运输基础设施的管理和维护。承担本市公路、水路基本建设项目的绩效监督和管理工作。
（六）负责提出本市公路、水路固定资产投资规模和方向，财政性资金安排意见。按照规定权限审核、核准国家和自治区规划内及年度计划规模内固定资产投资项目。贯彻执行公路、水路有关规费政策，提出有关财政、土地价格等政策建议。
（七）负责公路、水路行业的安全生产监督管理和应急处置工作。负责水上交通管制、船舶及相关水上设施检验、救助打捞及危险品运输监督管理等工作。依法参与事故调查处理工作。
（八）统筹协调和监督指导交通运输综合行政执法和队伍建设有关工作。指导检查和监督考核本市农村公路的管理、维护和执法。
（九）贯彻执行经营性机动车营运安全标准以及机动车报废政策和标准，监督指导营运车辆综合性能监测管理。贯彻执行渔业船舶检验地方性法规草案和有关政策、标准，承担本市渔业船舶检验监督管理和行业指导等工作。
（十）负责全市农村公路路网运行监测和协调。
（十一）承担综合交通运输统计工作，监测分析交通运输运行情况，发布有关信息。
（十二）指导全市公路、水路行业环境保护和节能减排工作。
（十三）协调民航、邮政相关工作。
（十四）完成市委、政府交办的其他任务。
市交通运输局下设六个正科级内设机构：办公室、政工人事科、财务科、建设管理科、公路养护科、安全监督科。