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林芝市交通运输综合行政执法队与林芝市市交通运输局实行“局队合一”体制。市交通运输综合行政执法队主要职责是：
（一）贯彻执行交通行政执法有关法律、法规、规章和国务院、自治区、市有关交通运输工作的方针政策、制度及其他规范性文件。负责编制全市交通运输综合行政执法工作的规范性文件、中长期规划和年度计划并组织实施 。
（二）负责全市范围内的公路路政（包括高速公路、超限运输管理）、道路运政、水路运政、航道行政、港口行政、地方海事行政、交通工程质量监督管理等方面的行政监督检查、行政强制和行政处罚等交通行政执法职能。
（三）负责全市超限运输检测站（点）的管理工作。
（四）统筹组织、指挥协调全市交通行业的专项整治，查处违法案件，协调全市重大和跨区域交通行政执法工作。
（五）参与本辖区内紧急客货运输的道路、水路运输保障工作。
（六）承担交通运输执法后督察和挂牌督办工作。
（七）承担交通运输行政处罚案件的统计分析工作。
（八）承担全市交通运输综合行政执法案件复核工作。
（九）组织开展交通运输方面法律法规的宣传工作，落实“谁执法、谁普法”的普法责任制。
（十）指导林芝经济开发区、鲁朗景区管委会和各县开展行政执法、案件查办工作和业务培训工作，协助做好全市交通运输综合行政执法人员的执法资格管理工作。
（十一）承办上级交办的其他事项。
市交通运输综合行政执法队设下列6个正科级内设机构：执法监督科，交通工程质量监督科，城市执法科，工布江达超限检测站，米林超限检测站，波密超限检测站。