（一） 办公室。负责机关日常运转工作，承担安全、保密、信访、政务公开、管理机关后勤服务中心、承担工会等工作。协调办理人大代表建议和政协委员提案工作。
（二） 政工人事科。负责机关及所属事业单位干部人才队伍建设、机构编制、干部监督、教育培训等工作。会同有关部门做好全市卫生健康专业技术人员专业技术职务资格标准，组织实施全市卫生健康专业技术人员专业技术职务资格业务考试、评审和卫生健康管理干部培训等工作。负责机关离退休人员工作，指导所属事业单位离退休人员工作。负责机关和所属事业单位党群工作。
（三） 财务审计科（规划发展与信息化科）。承担健康林芝建设协调推进工作，统筹协调全市卫生健康资源配置，指导全市卫生健康服务体系及信息化建设。组织开展爱国卫生运动和卫生健康统计调查工作。承担机关和预算管理单位预决算、财务、资产管理和内部审计工作，劳动工资工作。拟订实施卫生健康经济政策、管理规范和标准以及财务管理规章，提出医疗服务价格政策的建议。负责大型医用装备配置。
（四） 疾病预防控制科与职业健康科（卫生应急办公室、爱国卫生运动委员会办公室）。拟订全市重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系，实施疾病监测、慢性病防控等预警预测，协调有关方面对重大疾病、公共卫生实施防控和精神卫生工作。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作，协调开展职业病防治工作。承担全市卫生健康领域安全生产监督管理和应急处置工作，承担全市卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制专项预案和卫生应急物资储备目录计划，承担预案演练的组织实施和指导监督工作。指导卫生应急体系和能力建设。发布突发公共卫生事件应急处置信息。执行自治区爱国卫生工作的方针、政策和法规。研究拟订全市爱国卫生事业的发展、规划和目标并组织实施。负责城乡社会公共卫生管理、卫生监督及检查评比。协助相关部门推进全市农村改水改厕项目工作，带动环境卫生整治，预防和减少疾病发生和农牧区爱国卫生工作。组织协调开展创建“卫生城市”、“卫生县城”“卫生镇”“卫生村”等卫生先进，促进农牧区两个文明建设。组织协调全市爱国卫生运动委员会各成员单位，按各自职责开展爱国卫生工作，检查全市爱国卫生工作开展情况，进行卫生效果评价。负责全市爱国卫生宣传与健康教育促进工作。承办市爱国卫生运动委员会的日常工作。
（五） 医政医管与体制改革科（药物政策与基本药物制度科、干部保健科）。拟订全市医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、医疗废物处置、采供血机构管理以及行风建设等相关政策、规范和标准并监督实施。负责全市公立医院绩效评价和考核制度、执行全市医疗卫生机构运行监管，指导全市医疗机构评审评价，指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等工作。承担推进全市护理、康复事业发展工作。负责市保健对象的医疗保健工作，以及市重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作。
（六） 基层卫生健康与妇幼健康科。拟订农牧区卫生和社区卫生事业发展政策、标准和规范并组织实施，指导农牧区和社区卫生健康服务体系建设。会同有关方面执行农牧区和社区公共卫生、基本医疗、卫生健康人才队伍建设政策措施并组织实施。承担健康扶贫工作。拟订全市妇幼卫生健康政策、标准和规范并组织实施，推进全市妇幼健康服务体系建设。组织开展妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展等工作，负责人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。
（七） 综合监督科（食品安全标准与监测科）。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为，督办重大医疗卫生违法案件。组织开展环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查。完善全市综合监督体系，指导规范执法行为，开展食品安全风险监测。
（八） 藏医药管理科。负责拟订全市藏医药事业发展规划，以及藏医医疗机构、医疗技术应用、医疗质量安全、医疗服务等管理规范和技术标准并组织实施。承担藏医医疗、预防、保健、康复、药事的监督管理和权限内藏医医疗机构设置审批工作。指导藏医药理论、医术、药物的发掘、整理、总结和提高，以及藏医药科研条件和能力建设。组织实施藏医药人才培养。组织开展藏药资源普查，促进藏药资源的保护、开发和合理利用。负责藏医药文化建设，监督协调医疗和研究机构的藏中西医结合工作，推动藏医药交流合作。
（九） 人口监测与家庭发展宣教科（老龄健康科）。承担全市人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议，完善生育政策和计划生育特殊家庭扶助政策并组织实施。承担执行并协调落实全市应对老龄化的政策措施，落实并执行医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。承担市老龄工作委员会的具体工作。
（十） 政策综合研究室（卫生健康对口支援科）。组织拟订全市卫生健康事业发展中长期规划，负责落实并执行全市卫生健康政策和标准，组织开展重大政策问题研究。负责卫生健康系统法制建设和宣传教育，承担规范性文件审核，组织推进行政审批制度改革及职能转变相关工作。承担委机关党建、党风廉政、纪检、宣传、党支部工作。统筹全市卫生健康对口支援工作，研究提出卫生健康对口支援政策措施的建议。承担医疗人才“组团式”援藏和全市卫生健康对口帮扶工作，负责卫生健康援藏医疗干部人才的联系和服务工作。